在选择以天然水作为果壳活性炭的进水时，其滤料的选择与果壳活性炭的吸附碘值的高低等参数没有多大关系，而与果壳活性炭的过渡孔(过渡孔半径一般在10～100nm)有多少有关，应选择过渡孔较高的活性炭，上述三种材质的果壳活性炭以核桃壳和杏壳的过渡孔最多，应选择核桃壳或杏壳。
反渗透系统的水源一般为天然水，而天然水中的有机物含量复杂，研究认为，果壳活性炭对分子量在500~3000的有机物有很好的去除效果，对于分子量小于500和大于3000的有机物没有去除效果。
上述果壳活性炭的吸附指标的分子量在200以下，而天然水中有机物主要包括腐植酸、富维酸等物质，其分子量远远大于200，故其吸附值不能代表对天然水中有机物的吸附能力。
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